Nintendo Life lưu ý rằng hồi tưởng rằng thế hệ Pokémon thứ ba có "cảm giác" rất khác so với hai thế hệ đi trước bởi vì gần như tất cả 135 Pokémon mới của nó - tiết kiệm cho Ruriri và Sohnano - không liên quan đến thế hệ trước các thế hệ. Không giống như hai thế hệ đầu tiên, hai trong số các Pokemon "khởi đầu" của Ruby và Sapphire có thêm hệ thứ hai ở dạng tiến hóa cuối cùng, cho chúng một phạm vi khả năng rộng hơn. Ruby và Sapphire có hai "Pokémon huyền thoại" - Jirachi và Deoxys - cả hai đều có sẵn để trùng với các bộ phim hoạt hình tương ứng của họ.[1]

Pokémon Ruby và Sapphire đã tăng đáng kể số lượng Pokémon hệ "Bóng tối" và "Thép" trong sê-r, viì chỉ một vài Pokémon trong các thế hệ trước sử dụng các hệ này. Hardcore Gamer cũng lưu ý rằng nhiều Pokémon mới đã sử dụng "hệ đôi", trong đó Pokémon có cả hệ thứ nhất và hệ thứ hai; điều này gần như không phổ biến ở Red và Blue hoặc Gold và Silver.[2]